劉繼莊《廣陽雜記》記：清初，“設臺灣一府，臺灣、鳳山、諸羅三縣，而以臺灣廈門巡道統(tǒng)之”。據(jù)康熙高本《臺灣府志》，首任分巡臺廈道周昌、臺灣知府蔣毓英、臺灣知縣沈朝聘、鳳山知縣楊芳聲、諸羅知縣季麒光，首任臺灣府學教授林謙光、臺灣縣學教諭傅廷璋、鳳山縣學教諭黃賜英、諸羅縣學教諭陳志友，以及同知、經歷、縣丞、典史、巡檢等各官俱于康熙二十三年（1684年）至二十六年（1687年）間到任。這是清代初年在臺灣設官的大致情形。自此一直到1895年，其間因區(qū)劃調整、臺灣建省，增加不少官職和職官，卻也層級有別、各司其職，井然有序。清代職官（文官）制度使然也。
朝廷命官。官職設置與職官任用屬于中央事權。清廷制定的職官制度的所有規(guī)定，在臺灣一一遵辦、不曾稍違。因應某些具體情況，對臺灣官制所做的調整，也一一出于清廷的決策。例如，“臺灣各缺向例三年任滿，稱職者加升銜再留三年，方準升用”。對此，清雍正七年 （1729年）正月初五日有諭：“朕思臺灣道、府、廳、縣等官自宜選用熟習諳練者，然定期六年為滿，又加以候缺、交盤、渡海之期，實為太久。今再四思維，臺灣文員自到任之日為始，將滿一年之期，著該督、撫于閩省內地官員內揀選賢能之員，乘冬月北風之時，令其到臺，新舊協(xié)同辦理，半年之內，大約可以熟悉地方情形，則令舊員乘夏月南風之時回至內地補用……如此，則該員在臺前后不過兩年”。其后，臺灣官員“三年官兩年滿”的任期制基本上沿用至光緒年間；再如，關于臺灣道的全稱從“福建分巡臺灣廈門兵備道”“福建分巡臺灣廈門道”“分巡臺灣道”到“福建臺灣道”，官名多次變動、其職權職能也多次變化，乃出于朝廷決定；又如，關于提督學政一職在臺灣，經地方官“奏準”即經由朝廷批準，先后由分巡臺廈兵備道（1684—1721年）、分巡臺廈道（1721—1727年）、巡臺御史（1721—1751年）、分巡臺灣兵備道（1752—1874年）、福建巡撫（1875—1877年）、分巡臺灣兵備道（1878—1888年）、臺灣巡撫（1888.10—1895年）兼理。提督學政是各省教育行政長官，其職責之一是主持省內各地童生試（俗稱考秀才）的第三階段考試（院試）。福建內地與臺地隔海相望，交通不便，故在臺灣采用兼理制（臺灣建省后并未設提督學政一職，仍然采用兼理制，由臺灣巡撫兼理）。
中國地分兩岸而成“海峽兩岸”的情形，始于《馬關條約》、始于1895年。吾友楊彥杰教授在《臺灣歷史與文化》（海峽文藝出版社 1995年版）一書里指出：“1895年日本人占領臺灣以前，臺灣一直處在福建文化的強烈影響之下，兩岸文化是一體的。這種文化一體的關系，主要是由于大陸向臺灣不斷移民，同時也由于兩岸長期同屬于一個行政體系，政治制度相同，官方提倡的意識形態(tài)一致?！闭\哉是言也。談論“制度史視野里的臺灣”，當然要描述“兩岸長期同屬于一個行政體系”、論述“政治制度相同”即一制的問題也。
